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A MicroTESE pode desta forma ser considerada uma espécie de evolução da TESE convencional sendo inclusive uma opção naqueles casos em que este último método já tenha falhado previamente. Ao se utilizar a microscopia (ampliação de cerca de 20 vezes), aumentamos as chances de se identificar as áreas mais importantes de espermatogênese dentro de cada testículo. Além disso, O uso do microscópio torna mais evidente os pequenos vasos sanguíneos locais, facilitando sua preservação e microdissecção. A MicroTESE compreende o uso de anestesia geral associada a anestesia local, realiza-se uma incisão da pele até que se possa acessar o testículo. Uma vez exposto, o testículo também é incisado e os seus pequenos túbulos seminíferos inspecionados. Estes últimos são selecionados de acordo com sua forma – quando volumosos sugerem uma maior abundancia de espermatozóides.